V čele terezínského památníku stál 27 let od roku 1990, poté odešel do Prahy, kde od roku 2012 vedl tamní židovskou obec. Za téměř třicetileté působení ve funkci ředitele vybudoval z Památníku Terezín důstojné a celosvětově uznávané pietní místo, které ročně navštíví statisíce lidí. Se svým týmem také dokázal postavit památník opět na nohy poté, co Terezín v roce 2002 postihly zničující povodně. Jan Munk se rovněž zásadním způsobem podepsal na činnosti židovských organizací. Pražská židovská obec oznámila, že pohřeb se bude konat v pondělí odpoledne na Novém židovském hřbitově v Praze.