S malými židovskými vězni ji po deportaci do tábora nastudoval sám její skladatel a v této přestupní stanici do táborů smrti byla nakonec provedena více než padesátkrát. Její uvádění skončilo až se smutným koncem jejích malých zpěváků.

„Každý měsíc odjížděly vlaky do Osvětimi, zpěváčci se stále měnili a nakonec vlastně neměl kdo role zpívat," popsala konec díla v Terezíně pamětnice všech repríz Anna Hanusová. Po většině dětských herců zbyly jen smutné kresby a básničky. Jejich mladé životy skončily ve vyhlazovacích táborech a stejný osud potkal i Hanse Krásu, který zahynul v roce 1944 v Osvětimi. Terezínskou internací prošlo na 15.000 židovských dětí, zůstalo osm set, z vyhlazovacích transportů se vrátila pouhá stovka.

Malým hercům divadlo pomáhalo překonávat těžkosti a úzkosti života. V Terezíně znal Brundibára každý a všechny děti uměly zpívat jeho melodie. Většinou je provázely i na jejich poslední cesty do vyhlazovacích táborů. Příběh opery byl pro terezínské zpěváčky více než symbolický: dvě chudé děti bojují proti zlu dospělých. Sourozenci Aninka a Pepíček mají nemocnou maminku a pan doktor jim doporučí mléko. Ale kde na ně vzít? Pokusí se tedy napodobit flašinetáře Brundibára, který je ale vyhání. Děti se nakonec spojí se zvířátky a nad Brundibárem vyhrají.

Opera ale bohužel posloužila i nacistické propagandě. „Řekněme, že náš úžas byl obrovský, když jsme v ghettu nalezli město, které žije téměř normálním životem. Toto židovské město je skutečně udivující." Tato slova byla částí pochvalné zprávy delegáta Červeného kříže Maurice Rossela po prohlídce Terezína v červnu 1944.