K věčnému odpočinku byl uložen do biskupské hrobky i s kardinálským kloboukem na rakvi, který je téměř po čtyřiceti letech od úmrtí stále v perfektním stavu.

Za druhé světové války kardinál Trochta podporoval protinacistický odboj, za což byl zatčen a poté vězněn v koncentračních táborech. Po válce jej papež Pius XII. jmenoval biskupem litoměřickým.

V letech 1948 až 1949 byl mluvčím katolické biskupské konference při jednáních s komunistickou vládou. V letech 1950 až1953 byl nejprve nezákonně internován, v roce 1954 po roku ve vazbě jej odsoudili ve vykonstruovaném procese na 25 let.

Věznili ho v nejtěžších komunistických žalářích. V roce 1960 propuštěn na amnestii, poté však byl opět internován a až v roce 1968 začal znovu spravovat diecézi. O rok později byl papežem Pavlem VI. jmenoval kardinálem „in pectore“. Zemřel na mozkovou mrtvici, doslova „uřván k smrti“ krajským komunistickým tajemníkem pro církve Karlem Dlabalem.